Vroeger bestond er een groot verschil tussen muffins en cupcakes. Door de opkomst van de zoete koffiewinkelmuffin begon dit verschil steeds kleiner te worden. Hoewel de recepturen hedendaags vaak met elkaar worden verwisseld, verschillen muffins en cupcakes in het beginsel op verschillende vlakken:

Uiterlijk

De muffin herken je aan de zogeheten 'muffin top'. Het beslag rijst boven de cakevorm uit en vormt een bolvormige top. 

Ingrediënten

De naam 'cupcake' komt waarschijnlijk voort uit de ratio waarin ingrediënten worden gebruikt: één kopje suiker, één kopje bloem, etc. De ratio bloem, suiker, boter en eieren is bij cupcakes dus 1:1. Dit geeft de cupcake zijn rijke cake-achtige smaak. Een muffin bevat vaak minder suiker en meer bloem. Deze mix maakt een muffin steviger en minder zoet.

Bereiding

Muffins worden vaak gemaakt door de natte en droge ingrediënten apart te mixen, en later, voorzichtig bij elkaar te voegen. Cupcakes maak je daarentegen door alle ingrediënten samen te voegen in een mixer. Het beslag heeft weg van een cake, waar een muffin meer lijkt op bananenbrood. 

Afwerking

Cupcakes worden vaak versierd met een zoete 'frosting'. Deze kan gemaakt worden van botercrème, ganache, suikerglazuur of slagroom. Muffins worden daarentegen 'kaal' gegeten. Al wordt er wél vaak gewerkt met fruit in het muffinbeslag. Zoals een appel-kaneelmuffin of een muffin met blauwe bessen